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確定申告の再送信による控除限度額削減・追加納税

    今年3月に東京都から神奈川県に転居しました。
    私は個人事業主で確定申告をeTaxで期日(3/15)にしました。
    確定申告書の送信、納税も同日に全額オンラインで実行しました。
    ※eTaxにて、東京都の管轄税務署による確定申告・納付情報登録依頼の「受付完了」を確認

    その後東京都の管轄税務署から電子証明書が無効だったと連絡があり、
    神奈川県側の管轄税務署と調整するよう言われ、その指示により最終的に9月に神奈川県側税務署宛に確定申告をeTaxで再送信しました。

    そして本日、確定申告書の提出が期日後なので控除額限度額は大幅減、非常に高額の追加納税をするよう通知が来ました。
    ※修正申告書と納付書

    3/15時点で電子証明書が自治体間で転送手続き中だったとのことです。
    この場合、期日遅れで多額の追加納税をさせられることに納得いかないです。
    仕方ないことなのでしょうか?

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