経理・記帳・仕訳に関する質問｜質問No.3705

交通費を含む源泉所得税の計算方法と差し引きされなかった分の今後の処理方法

仕事上、個人事業主様とのやり取りがある会社です。
支払い請求書が届いたら、源泉所得税額を計算して差し引いてお支払いをしております。
交通費の記載のある請求書について質問です。

経営者から今年２月の個人事業主様で、交通費分の源泉所得税を差し引かずに支払いをしてと指示があり、その様にしましたが後から調べると、
基本的には交通費を含めて源泉所得税を差し引く。と記載がありましたが
例外で、「会社名で領収書を発行している」「先方が経費計上しない場合」には差し引かなくてもよい。という事例もあるのを検索して見つけました。

先方からは請求書だけ届いているので、「会社名で領収書を発行している」には該当せず、
「先方が経費計上しない場合」というのも、こちらでは直接聞かないと分かりかねますし、一件一件先方へ確認するのも時間がかかり本当に計上していないかは、こちらでは確認できないので現実的ではないと思い、
この差し引かなかった分の源泉所得税は、今後請求が上がる時に差し引くか、もしくは今年中に請求が上がらなかった場合は
どのように処理を進めたらよろしいのでしょうか？
こういった事例はあったりしますか？
初歩的な質問かとは思いますが、ご回答いただけましたらと思います。
よろしくお願いいたします。