③仕入れ原価が無い業務で、売上原価が仕掛りだけで、⑥差引原価がマイナスになる
設計業務を行っている個人事業主で、青色申告決算書を作成して、申告しています。
③仕入れ原価は業務の性質上、仕入れがありません。
仕掛り（年度末の中途業務の人件費等と外注等の直接支出）は、その年度末に抱えている業務が、前年度より多い時は、②+③-④＜⑤ で ⑥ はマイナスになります。
紙の申告添付の決算書を作成する場合は、マイナスでも（会計ソフトでも）作成できます。
長年、それで申告しても問題有りませんでした。
しかし、国税庁サイトの確定申告書（青色申告書）作成コーナーでは、（以前から）⑥がマイナスだと、訂正を指示され、受け付けてくれません。
e-tax で申告する場合、同サイトで作成の決算書しか添付できません。
時節柄、e-tax で申告しようと思っていますが、
上記のような差引がマイナスになる「仕掛り差引」は、どのように会計処理されているのでしょうか（一般的なのでしょうか）。
ご教示よろしくお願いします。
