会社で年末調整済みで確定申告する場合の配偶者控除の欄について
給与所得と事業所得の両方があり、freee 会計を利用して青色申告で確定申告書を作成しています。
給与所得を受け取っている会社で年末調整する際に、配偶者控除を受けるものとして手続きを行いました。
確定申告を準備する中で
> 所属している会社で年末調整を行っている場合
> 「養っている配偶者はいますか？」こちらに記入すると二重で控除されるため、入力が不要となっております。
という回答があったのですが、「二重で控除される」という点が理解できていません。
年末調整済みの場合、確定申告書B 第一表の ㉑〜㉒の欄「配偶者(特別)控除」 は、 0 のままにするのが正しいのでしょうか？
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以下、もう少し詳しく書いた状況です。
freee の確定申告書類作成で「会社から給与を受け取りましたか？」の欄に、
給与所得の源泉徴収票をもとに「支払金額」「所得控除の額の合計額」「源泉徴収税額」「社会保険料等の金額」等を入力しました。
確定申告書B の第一表には
・(カ)の欄に「支払金額」
・⑥の欄に「給与所得控除後の金額（調整控除後）」……「支払金額」をもとに自動計算
・⑬の欄に「社会保険料等の金額」
が自動入力されます。
「養っている配偶者はいますか？」の入力が不要ということですが、その場合は
確定申告書B の第一表では
㉑〜㉒の欄「配偶者(特別)控除」 が自動で 0 となります。
そして ㉕の欄「⑬〜㉔までの計」には、「社会保険料等の金額」と「基礎控除」等の合計が自動入力されます。
（配偶者(特別)控除の額が消えた結果として ㉕の欄の額は 源泉徴収票での「所得控除の額の合計額」よりも小さくなります。）
そのため、㉚の欄「課税される所得金額 ⑫ー㉙」には、配偶者(特別)控除の分は反映されないことになります。（そこから計算される㉛や㊶、㊸の欄も同様）
これでは給与所得や事業所得を合計した後に、配偶者(特別)控除はなかったものとして（控除になるのは基礎控除や社会保険料等の金額などのみで）税額が再計算されるように思えました。
そのため、年末調整で配偶者控除について手続き済みであっても、㉑〜㉒の欄「配偶者(特別)控除」には入力が必要ではないかと思っています。
（「二重で控除される」が理解できずにいます。）
誤解している点がありましたらご指摘いただけると幸いです。
