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インボイス制度の免税事業者に対する消費税分の謝礼値引き分を後から支払っていただくことは可能でしょうか?

    フリーランスの免税事業者です。ある会社から継続して業務を委託されて仕事をしています。
    インボイス制度導入にあたり、会社から「免税事業者には10月からは消費税分は支払わない」と申し渡され、不勉強のままそういうものかと受け止め、請求書を税抜額で作り支払っていただきました。
    その後調べて経過措置のことを知り、控除を受けているにも関わらず消費税10%分を謝礼から値引きすると、一定条件下で違法になる可能性があることを知りました。
    この懸念を会社に伝えたことで、当面8%上乗せで請求してもよいということになりました。

    すでに支払い済みの分は8%の支払いは対応できないと言われたのですが、このような場合はやはりあとから請求することはできないのでしょうか?現在の状況が関連各法に対しどのような状態なのか、ご教示いただけますと幸いです。

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