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消費税課税事業者選択届出書の提出について

    一昨年の3月に新店舗(2店舗目課税売上)をオープンしました。
    その年は初期投資の経費がかさみ赤字になり、消費税課税事業者選択届出書を提出すれば課税所得割合により経費でかかった消費税分が還付されると聞きました。
    ただ言い訳になりますが、新型コロナウイルス対策に追われていたのもありオープンした年に届出書を提出できず、昨年に提出することになりました。
    しかし、税務署側に届出書の提出が遅れた理由を、売上の減少などによる理由がないと適用は難しいといわれました。
    幸い1店舗目(非課税売上)の売上がありましたので、総売上は昨年と変わりなく売上の減少には該当せず提出を断念致しました。
    売上は変化がないのですが、新店舗オープンにかかった経費などの支出がかかり所得は赤字になっている証明をできれば今からでも認められるのでしょうか?
    また、嘆願書などの提出も考えておりますが如何でしょうか?
    税理士さんのご意見も拝聴したくお問い合わせしました。
    確定申告前でお忙しい中と存じますが、宜しくお願い致します。

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