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前年の医療費控除とふるさと納税分の確定申告について

    前年の医療費が10万円を超えていたことが後から判明したため、遡って確定申告をしたいです。
    同年分のふるさと納税のワンストップ特例を申請済です。(限度額内)
    医療費控除とふるさと納税分の控除をまとめて、遡って確定申告しますが、還付金の中にはふるさと納税の所得税控除が含まれるかと思います。
    既にワンストップ特例で今年の住民税からは、ふるさと納税分が引かれています。
    確定申告によって所得税から控除された金額分は、後で市長村に追納のような形になりますでしょうか?それとも、住民税の額が調整されて給料から引かれる形になりますでしょうか?

    ご教示ください。よろしくお願い致します。

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