確定申告に関する質問｜質問No.303

はじめまして。
一般社団法人の税務は、普通法人の税務とは異なるため必要な知識を有していない専門家の方も扱う機会がないため、いらっしゃるのが実情だと考えられます。
　
一般社団法人は"非営利型法人"と"非営利型法人以外の法人"に区分されます。
これは一般社団法人の機関設計が法人税法上の非営利型法人の要件を満たしているかによって判定されます。要件は以下の４つです。
　　
①剰余金の分配を行わない規定
②解散した際の剰余財産の国や地方公共団体等への帰属規定
③上記に違反する行為を決定したり、行ったことがない
④理事が3名以上おり、理事とその理事の親族等である理事の合計が、理事の総数の3分の１以下であるか
　
上記全ての要件を満たす法人が法人税法上の"非営利型法人"として扱われます。非営利型法人以外の法人は普通法人（株式会社など）と同じく課税されます。
　
非営利型法人の一般社団法人の場合には収益事業に対して課税されるため、行っている事業が収益事業３４の事業に該当するを判断する必要性が出てきます。ただし、身体障害者及び生活保護者等が事業に従事する者の総数の2分の１以上を占め、かつその事業がこれらの者の生活の保護に寄与しているものなどは３４事業に該当しても課税対象外となります。
　
なお、質問者の方は障害者総合支援法に基づく事業を行われていると考えられますので、特別な事情がなければ下記国税庁通達も参考で記載しましたが、"医療保健業"等に該当すると考えられ、収益事業に該当すると考えられます。
　
質問者の方が運営に携わられている一般社団法人が他の事業を行なっていない場合には、収益事業しか行なっていない法人であると考えられます。その場合には、非営利型であるか否かは実質的には関係なく、法人の収入すべてが法人税の課税対象となると考えられます。
　
ただし、法人税基本通達15-1-28の規定により非営利型であって、かつ実費弁償方式でかつ、あらかじめ所轄税務署長の確認を受けた場合には、収益事業に該当しないというケースも想定されます。実際に私たちのクライアントでも、事前確認により収益事業非該当という判定が出るようなケースもあります。これは個別の判断となるため、誰でも良いというわけではなく分野に明るい専門家にご相談いただくことをおすすめいたします。
　
https://www.nta.go.jp/publication/pamph/hojin/koekihojin/01.htm
（一般社団法人・一般財団法人と法人税　国税庁）

https://www.nta.go.jp/law/shitsugi/hojin/21/18.htm
（NPO法人が障害者総合支援法に規定する障害福祉サービスを行う場合の法人税の納税義務について　国税庁）

• 回答日：2021/09/16
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一般社団法人の収益事業の申告について、税理士の見解が異なる理由は、非営利法人の税務処理が複雑で判断が分かれるためです。

①の「収益事業50万円のみ申告」が一般的な考え方ですが、②のように国保などへの報告義務がある場合もあります。③の「国保からの入金も課税対象」は、一般社団法人の非収益事業部分を法人税対象と誤解している可能性が高いです。

収益事業のみが法人税の課税対象となるのが原則です。ただし、国保など公的資金の扱いについては税務署に確認し、正確な申告を行うことをおすすめします。昨年の申告も早めに対応しましょう。

• 回答日：2025/02/16
• この回答が役にたった：0

一般社団法人の収益事業の範囲と課税対象について整理します。

一般社団法人の法人税の考え方
公益性のある活動は、非営利活動として課税対象外。
収益事業（法人税法上の34業種）に該当する事業は、法人税の課税対象。
収益事業がある場合、収益事業に関する帳簿を作成し、申告が必要。
3人の税理士の意見の違いについて
✅ 税理士①：「収益事業の50万円だけの申告でよい」

一般的に最も適切な考え方です。
調理した料理の販売は「収益事業」に該当するため、50万円の売上に対して法人税を申告する必要があります。
ただし、他の活動（国保からの入金など）が収益事業に該当しなければ申告不要。
✅ 税理士②：「収益事業のみの申告納税だが、国保への売上などすべての数字を報告する義務がある」

一般社団法人は、収益事業のみ課税されるため、原則として収益事業以外の数字を税務申告する必要はありません。
ただし、国保からの入金が 収益事業とみなされるかどうか は個別に判断が必要。
申告不要な情報でも、税務調査などで帳簿の提出を求められる可能性があるため、記録はしっかり残すべき。
❌ 税理士③：「収益事業どころか、国保から入金分もすべて課税対象」

誤りの可能性が高い。
国保からの入金は、障がい者支援の公的補助金や委託費である場合、 収益事業に該当せず非課税 となることが多い。
補助金の性質によっては、申告対象となる可能性もあるため、契約内容を精査する必要あり。
結論
税理士①の「収益事業50万円のみ申告」が最も一般的な考え方。
税理士②の意見も、帳簿管理を徹底する点では妥当。
税理士③の意見は、一般的な非営利法人の税務処理と異なり、誤りの可能性が高い。
次のステップ
国保からの入金の 契約内容 を確認し、収益事業に該当するか税理士と再確認。
収益事業部分と非収益事業部分の会計を明確に分けて管理する。
50万円の売上については、適切に法人税申告を行う。
税理士①または②の意見に基づき、適切に対応されることをおすすめします。

• 回答日：2025/02/10
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就労支援事業は、法人税法上の収益事業「医療保険業」に該当すると考えられますので、

その事業の収入から経費を差し引いた金額を所得として、申告する必要があります。

①だと、かかった経費が引かれていませんので、経費は引けます。
②「公益法人等の損益計算書等の提出」を誤解されているかもしれません。8000万円以下の収入の場合、提出は不要です。
③非営利型の一般社団法人の場合、非営利型の要件を満たしている場合は、収益事業のみの課税となります。

結論を申し上げますと、まず、一般社団法人が非営利型に該当するのか否かを確認していただき、非営利型に該当する場合は、収益事業のみの所得を確定申告することが必要です。非営利型に該当しない場合は、すべての収入から支出を引いた所得で確定申告をすることが必要になります。

• 回答日：2021/09/16
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