税金・お金に関する質問｜質問No.18360

5年分の修正申告の加算税について（税込経理）

この度税務調査が入り、
令和1～5年分の所得税と消費税、過少申告加算税が書かれた調査額の表を税務署から受け取りました。
税理士さんにも間に入ってもらい、金額に間違いないことを確認したので本税は既に支払ったのですが、ここで疑問が生じました。

調査額の表には（わかりやすくするため金額をおおざっぱに書きますが）
令和5年だと収入4400万、経費3300万、所得1100万と書かれてあります。
そしてこの1100万円という所得を元に、所得税も計算されています。
そして加算税の欄を見ると、この所得税を元に計算されていることを確かに確認しました。
（所得税も加算税も税率を確認し自分で計算して、金額は一致しました）

ですが私が疑問に思ったのは、所得税の計算は税込みで計算したのであるから、加算税が税に税をかける形になっていないかということです。

私がそれを税理士さんに尋ねると、税込も税抜も所得税は同じになるから間違っていないと言われたのですが、それは支払った消費税が経費に入っていることが前提ではないのでしょうか。

私の場合はこの5年分の修正申告分の消費税をまとめて今年支払ったので、この令和7年の事業年度の租税公課にまとめて計上してよいと言われたのですが、
だとすると令和1～5年のこの修正申告に対しては消費税は経費になっていないのだから、税込みの所得に対して加算税をかけられたということになりませんか。

知識が乏しいため、間違っていたら申し訳ありません。
教えていただけると幸いです。