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税務調査の指摘事項があまりにも細かいため疑問があります。

    中小企業のものです。

    今年2度目(前回は5事業年度前)の税務調査が入り、納税額の折衝を行っている状態ですが、指摘事項があまりにも細かく感じたため疑問を抱きました。以下が現状です。

    当社は売上,外注費が損益の大半を占めています。そして、それらに係るキャッシュが銀行を介して移動するため、明らかな不正をしない限りは誤魔化せません。
    よって、減価償却費,人件費,交際費といった比較的大きな金額となっている項目に担当者からの指摘が集中しました。調査された3事業年度分の全てについて損金算入が否認されたとして、課税所得としては1000万-1500万程度だったと思います。
    調査が終了し、対応可能な指摘事項(議事録,領収書の不備など)に対応(不備の是正,資料の提出など)を行い、担当者との折衝を行いました。
    2週間ほど経過した後、調査した3事業年度及び、それ以前の2事業年度にかかる資料の追加提出が要求されました。
    前者については保管している領収書全て、後者については人件費に係る資料全てが対象でした。
    追加提出をした1ヶ月半後に連絡があり、担当者の方と面談となりました。
    先方から渡されたのは、不備を非常に細かく記載した一覧表でした。
    一例として、①「飲食部で使う食器類の購入費として経費計上されているが、種類及び個数の指摘が必要である」「②この書物は誰が読むために購入していて、実際に利用されているのか」③「出張費として計上されているが本当に必要なのか」といったものがあります。
    現状の重加算税を含めた税金の要支払金額を質問したところ、2500-3000万だと言われ、指摘事項の対応を求められました。また、以前対応した指摘部分に関しては損金算入が概ね認められていました。

    ここで担当者の指摘があまりにも細すぎるのではないかと以下の疑問を抱きました。

    ・飲食部があるのにも関わらず、①のように食器類の種類や個数,用途の記載まで求められるものなのか
    ・②③のような指摘には、対応したところでその真偽を確定することは難しく、担当者の一存で否認されるのではないか
    ・調査当初の様子ならば要支払税金は多く見積っても1000万程度であるのに、こんなにも支払額が増えるのは異常ではないか
    ・ノルマ達成等のために担当者が過剰な調査をしているのではないか

    長くなりましたが、回答,アドバイス等よろしくお願いします。

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