経理・記帳・仕訳に関する質問｜質問No.18682

販売管理システムと会計システムの相違について

質問よろしくお願いいたします。

現在、販売管理システム（仕訳機能付き）とFree会計を併用しております。
販売管理システムから売上を抜き取り、Freeeに月末に一括入力をしているのですが、しかしながら、FreeにはAPI連携している銀行からの入金が毎日入ってくるため、そちらの売上は1つずつ計上＆仕訳をしています。月末に販管システムとの差異を計算をして、最終的な売り上げを入力をしております。そこで質問です。

「Freeeに入れる現金での回収の仕訳と、販管システムの仕訳は全く違っていても問題ないのか。」例（10万の入金に対して）：Freee側　A社→売上　10万、販管システム側　A社→売上　20万、10万はクレジットカード、10万は現金。

販管システムを正としているので、特に問題がないという事で現在、このまま進行しています。実際、販管システムを見られるのはオペレータのみ、経理は閲覧できず、販管システムを正として決算をしています。
よろしくお願いいたします。