確定申告に関する質問｜質問No.14120

取引先（法人）に税務調査が入りました

当方、個人事業主。今年、取引先（法人）に税務調査が入り、4年前に源泉徴収をしていなかったことを指摘され、この度支払ったとのこと。
こちらはその年度の確定申告で、源泉徴収されなかった分として申告し、既に納税を済ませています。
しかし今回、その取引先から「二重払いになってしまっているので更生の請求をし、還付された金額を戻して（振込みして）ください」という案内がきました。
こちらに手落ちはないはずなのに、時間や交通費をかけて還付手続きをし、振込みをすることに疑問を感じています。
これは正しい方法なのでしょうか。
よろしくお願いいたします。